日蓮聖人は弘安五年九月八日、九年間棲みなれた身延山に別れを告げ、病気療養のため常陸の湯に向かわれ、その途中、武蔵国池上(現在の東京都大田区)の郷主・池上宗仲公の館で亡くなられました。長栄山本門寺という名前の由来は、「法華経の道場として長く栄えるように」という祈りをこめて日蓮聖人が名付けられたものです。そして大檀越の池上宗仲公が、日蓮聖人御入滅の後、法華経の字数(六九三八四)に合わせて約七万坪の寺域を寄進され、お寺の礎が築かれましたので、以来、「池上本門寺」と呼びならわされています。

天長の昔、弘法大師様が関東巡錫の折に、立ち寄り悪疫流行になやむ村人たちを救わんと、御自ら十一面観音像と自身の像を刻まれ、観音像を本尊にそして自身の像を枯れ井戸に安置して二十一日間の護摩祈願をおこないました。すると清らかな水が湧き、病はたちどころに平癒したと伝えられます。

学問の神様として知られる菅原道真公をまつる。約200本の木から梅が咲く「梅まつり」、15棚の藤が咲く「藤まつり」、本殿の正面を取り囲むように菊を展示して菅公を慰める「菊まつり」など、時季に合わせた花暦を開催。

1703年開創の成田山新勝寺の東京の別院である、真言宗(智山派)のお寺。古くから「深川のお不動さま」として親しまれている。毎日厳修する護摩祈祷は必見。ご真言で覆われた「新本堂」、一万体の不動明王像を祀る「祈りの回廊」、触れる事の出来る一丈八尺ある木像不動明王像「おねがい不動尊」等、様々なお参りが可能なお寺です。

1629年開基開山、正式名称は経栄山題経寺。当山には昔より日蓮聖人御親刻と言われる帝釈天のご本尊が安置されていたが、江戸中期の一時所在不明となっていた。安永年間に至り当山の第九代亨貞院日敬（こうていいんにちきょう）上人は此の寺のお堂が荒廃したのを歎き、その復興を計ったところ、安永八年（1779）の春、本堂改修中の梁上にこのご本尊を見出し、ついにご本尊の再来の法悦にあったのである。その吉日が庚申（かのえさる）に当たったことが、当山と庚申の結縁の始まりになったのである。